Η ιστορία της Ύδρας που επαναστάτησε στις 15 Απριλίου του 1821, 20 μόλις μέρες μετά την κήρυξη της ελληνικής επανάστασης, είναι αναπόσπαστα δεμένη με τον ναυτικό αγώνα των Ελλήνων. Στο Ιστορικό Αρχείο – Μουσείο της Ύδρας εκτίθενται όπλα Υδραίων αγωνιστών, η χάρτα του Ρήγα Φεραίου, ασημένια λήκυθος με την ταριχευμένη καρδιά του ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη και μοναδικά έργα Ελλήνων και ξένων ζωγράφων που απεικονίζουν πλοία του Αγώνα.
Σημαντική επίσης στάση σε αυτό το κατανυκτικό ταξίδι στην ιστορία της Ύδρας αποτελεί το αρχοντικό του Λάζαρου Κουντουριώτη που αποτελεί παράρτημα του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου. Μόνιμη έκθεση ζωγραφικής λειτουργεί στο ισόγειο με έργα των ζωγράφων Κωνσταντίνου και Περικλή Βυζάντιου, ενώ στους ορόφους εκτίθενται κειμήλια της οικογένειας Κουντουριώτη.
Επιπλέον, στη δυτική πλευρά του λιμανιού, και μέσα στα πεύκα, δεσπόζει το επιβλητικό αρχοντικό του Γεώργιου Κουντουριώτη, πρωθυπουργού του Ελληνικού κράτους το 1848 (ένας από τους πέντε πρωθυπουργούς που ανέδειξε η Ύδρα), το οποίο έχει μετατραπεί σε μουσείο μεταβυζαντινής τέχνης και ιστορίας.
